مشروع خدمة بيوت الله أحد المشاريع التي تقوم بها الجمعية للعناية بالمساجد وخصوصاً مساجد الطرق والمساجد الموجودة في الأماكن العامة والمساجد التي يكثر بها المصلون وغير المشمولة بمشروع صيانة ونظافة المساجد التابع لوزارة الشؤون الاسلامية.